随着人们对食品安全的重视，杀菌锅的应用范围也越来越广泛，那杀菌锅在杀菌过程中是怎么进行杀菌的呢？
早期的杀菌锅是单一的一个密闭性的罐体，通过罐内加水或者进入高温蒸汽，来对罐内食品进行简单的100℃高温蒸煮；这种方法虽然能杀死绝大部分细菌和微生物，但是当有大量芽孢杆菌时，这种低温灭菌方法是不安全的，并且长时间与高温水接触和蒸煮会严重破坏食品原有的口感和营养成分的流失；所以食品杀菌必须讲究高效率，且必须一次完成。
所谓“双层喷淋式杀菌锅”，就是分上下两个罐，上罐是预热水罐，下罐是杀菌罐，上罐可以进行杀菌水预热工作，预热完成后直接进入下罐喷淋管道，再通过喷淋嘴将热水映射出雾状，均匀的喷淋在产品上，到达杀菌时间后再由循环泵将热水回收到上罐，以备下次杀菌使用。
这种方法能有效保留食品原有的口感，不会造成蛋白质等营养成分的流失，并且上罐预热水的设计会使杀菌更加高效直接，避免了早期高温水对食品蒸煮造成的外观破坏等弊端。